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== Publications scientifiques de Michael J. Cook ==

== Publications scientifiques de Michael J. Cook ==

=== Article "Metagenomic 16S rRNA gene sequencing survey of Borrelia species in Irish samples of Ixodes ricinus ticks" ===

=== Article "Metagenomic 16S rRNA gene sequencing survey of Borrelia species in Irish samples of Ixodes ricinus ticks" ===

L'article intégral a été disponible en avril 2019

Publié dans la revue PLoS One. L'article intégral a été disponible le 15 avril 2019.

Auteurs: [[John Shearer Lambert|John S Lambert]]^1,2*, Michael John Cook³, John Eoin Healy⁴, Ross Murtagh¹, Gordana Avramovic^1,2, Sin Hang Lee⁵

Auteurs: [[John Shearer Lambert|John S Lambert]]^1,2*, Michael John Cook³, John Eoin Healy⁴, Ross Murtagh¹, Gordana Avramovic^1,2, Sin Hang Lee⁵

:* Corresponding Author

:* Corresponding Author

[Traduction DeepL de l'Abstract: ]<br>'''Résumé'''<br>La borréliose de Lyme est une infection systémique causée par des borrélies pathogènes transmises par les tiques du complexe Borrelia burgdorferi sensu lato ou du groupe plus hétérogène des borrélies de la fièvre récurrente. La distinction clinique des infections dues à différentes espèces de borrélies est difficile. Une connaissance précise de la prévalence et des espèces de borrélies dans les tiques infectées dans les zones endémiques est précieuse pour formuler des directives appropriées pour une gestion adéquate de cette maladie infectieuse. L'objectif de cette recherche était de concevoir un protocole facile à mettre en œuvre pour détecter les espèces divergentes de borrélies connues en Europe, en utilisant des échantillons irlandais de tiques Ixodes ricinus comme sujet d'étude. Des échantillons de nymphes d'I. ricinus ont été prélevés dans six localités d'Irlande. L'ADN brut de chaque tique séchée a été extrait par NH4OH chaud et utilisé pour initier une PCR de même type avec une paire d'amorces spécifiques du genre borrélien pour amplifier un segment hautement conservé de 357/358 pb du gène de l'ARNr 16S pour la détection et comme modèle pour le séquençage Sanger. Pour distinguer B. garinii de B. burgdorferi et distinguer les différentes souches de B. garinii, un second segment de 282 pb du gène de l'ARNr 16S a été amplifié pour le séquençage de Sanger. Un segment de signature de la séquence d'ADN extrait de l'électrophérogramme généré par ordinateur a été soumis à la GenBank pour une analyse d'alignement BLAST. Une correspondance à 100% avec la séquence de référence unique de la GenBank était requise pour le diagnostic moléculaire de l'espèce ou de la souche de borrélium. Nous avons constaté que le taux global d'infection par les borrélies dans la population irlandaise de tiques était de 5%, avec une fourchette de 2% à 12% selon les lieux de collecte des tiques. Au moins 3 espèces, à savoir B. garinii, B. valaisiana et B. miyamotoi, infectent les tiques collectées en Irlande. Les isolats de B. garinii ont été confirmés comme étant la souche BgVir, la souche Bernie ou la souche T25. Les antigènes utilisés pour les tests sérologiques de diagnostic pouvant être spécifiques d'une espèce ou même d'une souche, il est nécessaire d'étendre la surveillance des espèces et des souches de borrélies parmi les tiques qui piquent l'homme en Irlande afin de s'assurer que les antigènes utilisés pour les tests sérologiques contiennent bien les épitopes correspondant aux anticorps provoqués par les espèces et les souches de borrélies chez les tiques cohabitant dans le même environnement.<br><br>'''Abstract'''<br>Two models were developed to estimate Lyme borreliosis (LB) cases. One was based on the seroprevalence of Borrelia infections in human samples. This model used corrections for false negative and false positive results from published test sensitivity and specificity measures. A second model based on Borrelia infections in sentinel dogs was used to quantify the prevalence of Lyme disease Borrelia infections in humans; the reference baseline for this model was human and canine infections in Germany. A comparison of the two models is shown and differences discussed. The relationships between incidence, prevalence and total infection burden for LB were derived from published data and these were used in both models to calculate annual incidence, prevalence and total LB infections. The modelling was conservative and based on medical insurance records coded for erythema migrans. Linear model growth rates were used in place of the commonly adopted exponential growth. The mean of the two models was used to create estimates for various countries and continents. Examples from the analyses for LB estimated for 2018 include: incidence - USA 473,000/year, Germany 471,000/year, France 434,000/year and UK 132,000/year; prevalence - USA 2.4 million, Germany 2.4 million, France 2.2 million and UK 667,000; total infections - USA 10.1 million, Germany 10.0 million, France 9.3 million and UK 2.8 million. Estimates for the world for 2018 are: incidence 12.3 million/year; prevalence 62.1 million; and total infection burden 262.0 million. These figures are far higher than officially published data and reflect not only the underestimation of diagnosed cases, which is acknowledged by health agencies, but also undiagnosed and misdiagnosed cases.<ref>https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30986208/ "Metagenomic 16S rRNA gene sequencing survey of Borrelia species in Irish samples of Ixodes ricinus ticks". Publié dans PLoS One. 2019 Apr 15</ref>

[Traduction DeepL de l'Abstract: ]<br>'''Résumé'''<br>La borréliose de Lyme est une infection systémique causée par des borrélies pathogènes transmises par les tiques du complexe Borrelia burgdorferi sensu lato ou du groupe plus hétérogène des borrélies de la fièvre récurrente. La distinction clinique des infections dues à différentes espèces de borrélies est difficile. Une connaissance précise de la prévalence et des espèces de borrélies dans les tiques infectées dans les zones endémiques est précieuse pour formuler des directives appropriées pour une gestion adéquate de cette maladie infectieuse. L'objectif de cette recherche était de concevoir un protocole facile à mettre en œuvre pour détecter les espèces divergentes de borrélies connues en Europe, en utilisant des échantillons irlandais de tiques Ixodes ricinus comme sujet d'étude. Des échantillons de nymphes d'I. ricinus ont été prélevés dans six localités d'Irlande. L'ADN brut de chaque tique séchée a été extrait par NH4OH chaud et utilisé pour initier une PCR de même type avec une paire d'amorces spécifiques du genre borrélien pour amplifier un segment hautement conservé de 357/358 pb du gène de l'ARNr 16S pour la détection et comme modèle pour le séquençage Sanger. Pour distinguer B. garinii de B. burgdorferi et distinguer les différentes souches de B. garinii, un second segment de 282 pb du gène de l'ARNr 16S a été amplifié pour le séquençage de Sanger. Un segment de signature de la séquence d'ADN extrait de l'électrophérogramme généré par ordinateur a été soumis à la GenBank pour une analyse d'alignement BLAST. Une correspondance à 100% avec la séquence de référence unique de la GenBank était requise pour le diagnostic moléculaire de l'espèce ou de la souche de borrélium. Nous avons constaté que le taux global d'infection par les borrélies dans la population irlandaise de tiques était de 5%, avec une fourchette de 2% à 12% selon les lieux de collecte des tiques. Au moins 3 espèces, à savoir B. garinii, B. valaisiana et B. miyamotoi, infectent les tiques collectées en Irlande. Les isolats de B. garinii ont été confirmés comme étant la souche BgVir, la souche Bernie ou la souche T25. Les antigènes utilisés pour les tests sérologiques de diagnostic pouvant être spécifiques d'une espèce ou même d'une souche, il est nécessaire d'étendre la surveillance des espèces et des souches de borrélies parmi les tiques qui piquent l'homme en Irlande afin de s'assurer que les antigènes utilisés pour les tests sérologiques contiennent bien les épitopes correspondant aux anticorps provoqués par les espèces et les souches de borrélies chez les tiques cohabitant dans le même environnement.<br><br>'''Abstract'''<br>Two models were developed to estimate Lyme borreliosis (LB) cases. One was based on the seroprevalence of Borrelia infections in human samples. This model used corrections for false negative and false positive results from published test sensitivity and specificity measures. A second model based on Borrelia infections in sentinel dogs was used to quantify the prevalence of Lyme disease Borrelia infections in humans; the reference baseline for this model was human and canine infections in Germany. A comparison of the two models is shown and differences discussed. The relationships between incidence, prevalence and total infection burden for LB were derived from published data and these were used in both models to calculate annual incidence, prevalence and total LB infections. The modelling was conservative and based on medical insurance records coded for erythema migrans. Linear model growth rates were used in place of the commonly adopted exponential growth. The mean of the two models was used to create estimates for various countries and continents. Examples from the analyses for LB estimated for 2018 include: incidence - USA 473,000/year, Germany 471,000/year, France 434,000/year and UK 132,000/year; prevalence - USA 2.4 million, Germany 2.4 million, France 2.2 million and UK 667,000; total infections - USA 10.1 million, Germany 10.0 million, France 9.3 million and UK 2.8 million. Estimates for the world for 2018 are: incidence 12.3 million/year; prevalence 62.1 million; and total infection burden 262.0 million. These figures are far higher than officially published data and reflect not only the underestimation of diagnosed cases, which is acknowledged by health agencies, but also undiagnosed and misdiagnosed cases.<ref>https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30986208/ "Metagenomic 16S rRNA gene sequencing survey of Borrelia species in Irish samples of Ixodes ricinus ticks". Publié dans PLoS One. 2019 Apr 15<br>'''Abstract'''<br>The spirochetal bacterium Borrelia miyamotoi is a human pathogen and has been identified in many countries throughout the world. This study reports for the first time the presence of Borrelia miyamotoi in Ireland, and confirms prior work with the detection of B. garinii and B. valaisiana infected ticks. Questing Ixodes ricinus nymph samples were taken at six localities within Ireland. DNA extraction followed by Sanger sequencing was used to identify the species and strains present in each tick. The overall rate of borrelial infection in the Irish tick population was 5%, with a range from 2% to 12% depending on the locations of tick collection. The most prevalent species detected was B. garinii (70%) followed by B. valaisiana (20%) and B. miyamotoi (10%). Knowledge of Borrelia species prevalence is important and will guide appropriate selection of antigens for serology test kit manufacture, help define the risk of infection, and allow medical authorities to formulate appropriate strategies and guidelines for diagnosis and treatment of Borrelia diseases.<br><br>'''Conflict of interest'''<br>SHL is Director of Milford Molecular Diagnostics Laboratory. There are no patents, products in development or marketed products associated with this research to declare. This does not alter our adherence to PLOS ONE policies on sharing data and materials.</ref>

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